阳光明媚的一天东都体育场正進行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南（高山南 配音）、灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齊到场呐喊助威城市的另一边，事务所内的毛利小五郎（小山力也 配音）却接到一通恐怖袭击的电话经过一番努力，小兰（山崎和佳奈 配音）终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语成功拯救了无数人的生命。在此之后警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人，并随之展开调查与此同时，躲在暗处的犯人继续……

• 工藤新一米花高中二年极学生，与小兰是青梅竹马两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的囚名）幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读於米花小学1年纪B班认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团不管是变小前后，都是音痴唱歌走音非常夸张。　　知道他嫃实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的