其中轴线较双塔中轴线偏西3.5米根据柱础排列位置可知，正殿面阔与进深皆为三间东、西、北三面绕匝副阶，总面积18.4米总进深18.2米，属正方形平面明间有露台向南伸展。若根据宋《营造法式》复原此殿应为单檐歇山式。
现存四周石制檐柱16根大多完好，高约4米上端有安木枋榫头的卯槽。造型有雕婲圆柱、瓜棱柱、八角柱三种石柱础30个皆为覆盆式，檐柱础的盆嘴形均与柱形相配前檐六柱及础为圆形，通体浮雕牡丹、夏莲、秋葵等缠枝花卉婴戏纹饰构图典雅，线条流丽堪称宋代建筑石雕艺术精品。此外尚有石门槛、石罗汉、石须弥座、石狮等遗物，惜残损鍺居多
正殿遗迹经清理复位，为江苏唯一作为文物保护的宋代建筑遗迹所存宋代石雕柱、础之精美亦属罕见。