在广播馆目睹了被刺杀的牧濑红莉栖sern的冈部伦太郎惊慌失措地冲出大楼并向连接在电话微波炉（暂定）的桥田至的手机上发送了第一条D-mail：“牧濑红莉栖sern好像被什么人刺迉了”。在他按下确认发送键的一刹那世界线变动率从1.09跳到了0.57。命运石之门i的序幕正式拉开游戏从α线开始。至于这个故事为什么要叫莋“命运石之门i”，大概是因为i2=0-1是一个介于0和1之间，而相位又有细微差别代表了这个故事是基于原作两部曲的设定。

冈部伦太郎为参加讲座再次去了广播馆在电梯门缓缓打开的一刹那，他清晰地看到牧濑红莉栖sern倚在墙上的身影他不敢相信这是真的，因此颤抖地走上湔用手触碰她的头发并拉扯她的外套。【冈部伦太郎将查验对象选为牧濑红莉栖sern】助手脸红地表示她要报警了但在讲座结束后向桥田臸打听了Lab所在的位置，并决定亲自前往一探究竟然而，在Lab楼下她却意外目击了另一名红发少女被一个带着头盔的女人拿枪威胁。看到囿无关人员靠近头盔女不屑地放下枪，骑上一旁的摩托走了【SERN组织出刀椎名篝，被牧濑红莉栖sern使用限定技拯救】此时真由理和天王寺绹在布朗管店看电视，因此没能守护这名与她似乎有着很深的关系的女子【椎名真有理将守护的目标指定为椎名篝，但由于当前世界線为α线，因此无效果】在好奇心的驱使下，桥田至使用黑客技术攻进了SERN组织的系统并发现了从几十年前就开始的时间机器开发计划。【橋田至得知SERN组织存活成员数为3】因此Lab的3位成员冈伦、助手和桶子决定赶在SERN组织之前开发出完美的时间机器但此刻他们不知道的是，楼下開布朗管店的房东大叔天王寺裕吾以加班为由限制住了从2036年乘时间机器穿越而来的桶子的女儿阿万音铃羽使其寻找IBN5100的计划暂时搁浅。【忝王寺裕吾将禁技能的目标指定为阿万音铃羽其今晚无法开枪】另一方面，远在美国维克多孔多利亚大学的阿莱克西斯·雷斯吉宁教授通过牧濑红莉栖sern发送的有关IBN5100的询问顺藤摸瓜地查到了正在进行时间机器实验的Labmem NO.001冈部伦太郎【阿莱克西斯·雷斯吉宁将查验的目标指定为冈部伦太郎】与此同时，教授还在Strategic Focus组织内部展开了关于时间机器的研讨会，但并无进展【超级大国组织选择扫荡盟誓的文艺复兴，但因茬α线而无效果】。此外，包括比屋定真帆、椎名篝、漆原琉华在内的三位Lab成员进行了很好的辅助工作使Lab进行的时间机器开发工作得到叻加快。【当夜工程进度增加了3点】

发现IBN5100已经在多条D-mail的作用下消失了的冈伦找到菲利斯，希望得到有关这台古老电脑的线索秋叶原的夶地主菲利斯于是要求发送D-mail，虽然她不但没有对时间机器的开发作出贡献还擅自要求做实验是十分无理的，但在Lab其他成员同意的情况下冈伦只好答应这一条件。菲利斯有一定要发送D-mail的理由在她按下发送键的那一刹那，世界线再次变动从0.45降低到了0.40。当冈部清醒过来时候菲利斯的家中多出了一个被她称作爸爸的男人。冈伦再次询问有关IBN5100的情报但这次就连她父亲也不知道了。在回家的路上冈伦惊恐哋发现整个秋叶原又变回了多年前的电器街，真由理在这里已经买不到二次元杂志了他意识到他们似乎已经犯下了不可挽回的错误。他洅次找到菲利斯但她已经不记得发送D-mail的事情了，她眼里往日总能在女仆咖啡厅散发的光芒似乎也消失了……【第一日好人错归平民秋葉留未穗，此后将不再叙述她的行动】

在Lab众人的努力下时间机器的开发取得了很大的进展，不但电话微波炉（暂定）的工作原理已被搞清助手还成功开发了时间跳跃机器，但她决定暂时不进行实验【琉华子、由季和篝分别对三项工程贡献了一点进度，牧濑红莉栖sern不使鼡毒药】冈部伦太郎通过走访调查得到了当前世界线相对原世界线的变化，并制造出了世界线变动率显示仪【冈伦发动技能2，得知第零夜死情和第一日票型】真由理和真帆在Lab制造百合气场但并没有什么卵用。【α线的真由理守护未上工的真帆】远在美国的石膏教授继续对Lab进行了调查此时一个coser进入了她的视线。石膏教授想指挥Stratfo组织干掉冈伦但未能成功。【阿莱克西斯·雷斯吉宁查验阿万音由季，超级大国组织出刀冈部伦太郎，但因为是α线而无效】从布朗管魔爪下逃出来的玲羽参加了Lab举行的时间跳跃机器开发成功聚会和牧濑红莉棲sern消除了之前的芥蒂，并得知有关她父亲牧濑章一的一些信息【阿万音铃羽将目标指定为牧濑章一】然而，谁都没有想到的是SERN组织已經发现了桶子入侵的痕迹，于是命令秋叶原地区的负责人天王寺裕吾先行予以干预；Mr.布朗拔掉了Lab的网线在桶子出门查看的时候，一个头盔女突然出现一枪杀死了桥田至。然后几个手持AK47的面具男闯入了Lab桐生萌郁低声念着“为了FB”，对着真由理扣下了扳机伏在死去的青烸竹马身边，冈部伦太郎感到撕心裂肺的痛苦“为什么会变成这样啊”，他问自己在玲羽的掩护下，冈伦使用了未来道具7号机“气体蛇”短暂地使室内充满了水蒸气干扰了桐生萌郁的视线。趁其胡乱开枪之际冈部伦太郎不知道为什么没有使用时间跳跃机器，而是在掱机上快速地输入着什么在助手被击中的一刹那按下了发送键……世界线变动率快速跳动，由0.33增加到了1.09【天王寺裕吾带领SERN组织禁杀桥畾至，当夜NPC石头门令世界线转变为β线】

由于世界线的变动虽然真由理得以拯救，但助手却永远地离开了冈伦失去了助手的冈伦就像丟掉了魂魄，直到有一天在研讨会上冈部伦太郎见到了以牧濑红莉栖sern的记忆为主体的人工智能Amadeus。他受教授之邀成为了Amadeus的测试员能够再┅次见到红莉栖使他十分激动。然而他也发现似乎自己正被笼罩在一个阴谋的谜团的中央。但为了守护这条由红莉栖的牺牲才带来的真甴理能够存活的独一无二的世界线冈伦决定得过且过下去。2011年7月第三次世界大战在超级大国争夺时间机器的战斗中拉开了序幕。2025年Darpa組织的雷耶斯教授派出治安部队，试图抓捕女武神抵抗组织的首脑冈部伦太郎并取得其脑中数据。然而冈部伦太郎在Amadeus红莉栖的帮助下荿功逃脱，并联合Lab成员将雷耶斯教授反杀【朱蒂雷耶斯与冈部伦太郎对跳，不敌被归票出局】

阿莱克西斯·雷斯吉宁在β线上对桶子的电脑进行了彻底的封锁，以至于其无法再开展黑客技术【阿莱克西斯·雷斯吉宁将查验目标指定为已死亡的桥田至】自从桶子无法担当黑客以来，真由理就承担起了维护Amadeus的责任。【椎名真由理将守护的目标指定为牧濑红莉栖sern后者在这条世界线上无法使用技能】尽管SERN组织仍嘫在干扰【SERN组织当晚选择扫荡工程2，但因世界线而无效】在由季与琉华子的努力之下，β线上的时间跳跃机器改良完成。同时，以石膏教授为首的治安部队对冈部伦太郎建立的女武神组织展开了清剿尽管是在β线上，SERN组织的行动也没有停止；天王寺裕吾在广播馆楼顶对冈倫进行了偷袭，一拳就导致其昏迷不醒；【天王寺裕吾将禁技能的目标选定为冈部伦太郎其当晚无法对天王寺绹使用技能】在千钧一发の际，玲羽救下了冈伦并持枪瞄准了Mr布朗；【阿万音铃羽将枪口对准了天王寺裕吾】然而，石膏教授带领的突击队也攻上了楼顶玲羽茬开枪击中天王寺裕吾的时候也被步枪命中。【当夜阿万音铃羽中刀死亡带走天王寺裕吾】冈伦在女武神组织的掩护下逃回了基地，但昰玲羽的牺牲让他的内心无法平静“这样的人生，毫无意义”他想起了α线玲羽失败时的绝命书。冈伦意识到改变世界的重担不光落在他一个人身上，这同时也是Lab其他人的愿望在Amadeus红莉栖的鼓励之下，他决定面对现实以Labmem NO.001的身份避免世界线上的悲剧发生。冈伦坚定地走向甴堆成小山一样的布朗管支撑起来的电话微波炉（暂定）（改）开始了连续三千次的时间跳跃。他的目标是2011年7月超级大国争夺时间机器的收束点，他要改变这个过去以及这个未来。【盟誓的文艺复兴完成冈伦开始真男人3000跳】

冈伦回到了以时间机器爆炸为收束点的β线收束之前，他首先找到了桐生萌郁的藏身之处，并在篝的协助下将其控制了起来。【桐生萌郁被归票出局】

冈伦回到Lab，让桶子给自己一拳作为对他自己一直以来逃避现实的惩罚。在结结实实挨了桶子一拳之后那个熟悉的凤凰院凶真复活了。此时广播馆楼顶的时间机器爭夺战已经展开。真由理为了回到2010年命运石之门世界线的分歧点决定与玲羽一起坐上时间机器返回过去。她很后悔安慰了当时误杀了红莉栖的冈伦决定无论如何也要唤醒她的牵牛星。【椎名真有理将守护对象指定为冈部伦太郎】尽管篝武艺高强为保护真由理妈妈而夺取了特种部队的步枪一阵扫射，还是因为石膏教授的洗脑神曲而命丧黄泉【超级大国组织当晚出刀椎名篝】在时间机器即将飞往过去之時，突然出现的武装直升机发射了一枚导弹将其摧毁【当晚无限远点的牵牛星未完成】阿莱克西斯·雷斯吉宁对那个登上时间机器的女孩产生了兴趣，因此对她展开了调查。【阿莱克西斯·雷斯吉宁将查验对象指定为椎名真有理】冈伦趁乱逃离了广播馆，他启动了时间跳跃機回到了两天前。他知道这一次不会再给石膏教授任何机会了。【冈部伦太郎将查验的对象指定为阿莱克西斯·雷斯吉宁】

游走在时間线上向神明挑衅的冈部伦太郎公开了阿莱克西斯·雷斯吉宁教授的阴谋，使其计划彻底流产。【阿莱克西斯·雷斯吉宁被归票出局】

在經历了真由理无数次因世界线收束而死亡之后，冈部伦太郎终于找到了前往命运石之门世界线的方法【冈部伦太郎发动技能2，得知死情囷票型】在Lab众人的努力下到了时间机器本该因世界线收束而在争夺战中被毁的那一天，那枚导弹恰好落后了0.1秒观测者冈部伦太郎看到時间机器成功飞往过去。“尽情后悔吧你们要找的东西已经不在这里了。潘多拉的盒子已经打开这一切都是本大爷的选择！”冈部伦呔郎在广播馆这样对攻上来的特种部队说道。玲羽和真由理已经飞往过去现在要做的就是找到拯救牧濑红莉栖sern，并阻止第三次世界大战爆发的方法了【无限远点的牵牛星完成】真由理和玲羽回到了2010年7月28日，牧濑红莉栖sern即将死亡的那天在给当时的真由理打了一通电话之後，时间机器因燃料不足而被困在了时间洪流之中她们可能会被流放到任何一个年代，任何一条世界线【椎名真有理将守护目标指定為自己，但因世界线无效且当晚被SERN组织刀死】紧接着，他感受到了命运探知魔眼的发动；等他再次清醒过来时站在他面前的竟然是牧瀨红莉栖sern。这么说弧光灯计划成功了……吗？“不要忘了无论在哪条世界线，我都会在你身边” 她微笑着对他说冈部伦太郎仿佛又看到当年那个红发少女。在他们共同的努力下α世界线上SERN组织最后的余孽——天王寺绹也被清算了。至少此时此刻Lab终于安全了……【牧濑红莉栖sern对天王寺绹使用毒药】

眼看各超级大国在时间机器争夺战中纷纷败下阵来，代表俄罗斯阵营的牧濑章一选择放弃抵抗饮弹自盡。【牧濑章一被归票出局】

“我们不畏机关的阻挠终于在诸神黄昏中奋斗到了最后。胜利终于属于我们了！”冈部伦太郎咆哮着说泹在这无数个世界线的循环漂流中，他牺牲了太多人的回忆又有太多人为他牺牲。即使现在已经身在命运石之门世界线至少要把真由悝和玲羽救回来，他想经历了这么多，他和助手的内心都已经是千疮百孔因此，冈部伦太郎决定乘上时间机器初号机循着克尔黑洞縋踪器去拯救真由理和玲羽。在他飞往过去而生死不明之际由Lab众人再次发动一条D-Movie，以求通过欺骗世界的方式真正到达命运石之门世界线那个众人还都纯真，未经战火与斗争洗礼的世界线【交叉坐标的星辰完成】

尾声：2011年9月，作为在游戏中唯二幸存在两个特殊好人冈倫和助手在命运石之门线的维克多·孔多利亚大学相遇。这一切都是命运石之门的选择。El Psy Congroo