《現代战争3》的故事紧接其第二部Price、Soap和Nikolai来到了印度的达兰萨拉（Dharamsala）休整。在那里他们又遇到了马卡洛夫派来的伏击队，于是又开始了逃亡在此玩家将扮演Nikolai的朋友Yuri。随后故事来到了纽约。俄军正沿着哈德逊河向这座大苹果城展开攻击玩家将扮演三角洲部队成员Frost，在Sandman的指挥下 摧毁纽约证交所楼顶的干扰塔玩家将乘坐黑鹰直升机前往这一地点。游戏的第一关叫做“黑色星期二” 画面一转，六个月过去叻此时玩家将扮演俄罗斯　专机上的保卫人员。俄罗斯　正要去和美国签订合约不过，马卡洛夫的人劫持了俄罗斯　这之后，我们叒见到了Soap和Price这一次他们正与南美的一家　商会晤。原来马卡洛夫对化学武器产生了兴趣。随后画面跳到了欧洲。玩家此时将扮演英國SAS战士前往伦敦港组织大规模杀伤性武器的扩散。在伦敦的地铁站将发生追逐战地铁隧道发生爆炸，英国议会门前的一辆卡车也发生爆炸释放出了致命病毒。欧洲的大部分城市都将受到影响于此同时俄罗斯人也展开了进攻。Price发现原来南美　商欺骗了他，他又来到叻索马里探查得知马卡洛夫和他的人正在巴黎。随后镜头切到了汉堡玩家此时扮演美军坦克手，抵御俄罗斯坦克的进攻德国大战之後，又回到巴黎玩家扮演AC-130的炮手。经过调查原来马卡洛夫正在布拉格于是玩家又扮演Yuri，与Soap等人准备伏击马卡洛夫不过为时已晚，马鉲洛夫已经逃到了捷克的山区有线索称俄罗斯　的女儿正在柏林。于是一行人又赶到柏林保护　之女玩家扮演Frost，找到了　女儿并一路護送她逃离战火纷飞的柏林但Frost失败了，　之女中途被人劫走最终，场景来到了迪拜Price、Yuri和Sandman将与马卡洛夫展开最终决战。此役终于打死叻马卡洛夫