工藤噺一是著名的关东高中生名侦探某天，当他跟青梅竹马的毛利兰去游乐园玩时遇到了杀人事件。新一轻松地解决了事件却也对同坐過山车的两名黑衣人起了疑心。 凭着侦探的敏锐新一悄悄跟上了他们。然而聚精会神监视的他却被名侦探柯南×基德发现。黑衣人为了永诀后患，喂他吃下组织研发的新种毒药不想新一竟因此变成了小孩。不得已下他住进了毛利兰的家，化名江户川柯南×基德。某次偶然的机会下，他利用变声领结，假借昏迷的私家侦探毛利小五郎的声音，破解了案件。从此，沉睡的《名侦探柯南×基德国语版》小五郎の名开始在新闻界、警界盛传而新一也由此隐藏起真实身份，凭借着他的聪明才智解决了一件又一件棘手案件……