高中生侦探工藤新一与毛利蘭在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子便跟踪他们，不料被灌下一种叫"APTX4869"的神秘毒药然而因为药物副作用，新一的身体竟回到駭童状态为不使周围的人受到牵连，他化名为"江户川柯南"寄住在毛利兰家中，解决了许多案件并一直寻找着黑衣组织的人的下落。

　　黑衣组织(黑の组织)又译黑暗组织等给新一灌下药物APTX4869的琴酒、伏特加等人所属的一个笼罩在迷雾中的国际犯罪组织。

　　FBI即美国联邦調查局为了调查黑衣组织而秘密潜入日本进行活动的美国情报机构。调查小组由詹姆斯?布莱克领导成员有赤井秀一、茱蒂?斯泰琳、安德雷?卡迈尔等人，其中赤井秀一已经"殉职"(实际假死并伪装成冲矢昴)

　　CIA即美国中央情报局，俗称"Company(公司)"对黑衣组织进行调查的美國情报机构。是一个完全为维护美国的国家利益而行动的组织 所以调查目的与FBI不同。调查方式也以向黑衣组织派遣卧底为主伊森?本堂和化名为"水无怜奈"的本堂瑛海都是CIA派入黑衣组织的卧底，其中伊森?本堂已经殉职本堂瑛海则在黑衣组织中获得"基尔"的代号

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