几千年的空中文明，但不知为何希达的祖先离开了拉普达，抛棄发达的科技在地面上过起隐居的生活。然而有一天几个不明身份的男子出现在她家门口……

故事由希达所坐的飞行船遭到空中海盗嘚袭击而开始。一团混乱中被关在屋子里的希达试图逃跑却不慎从万米高

空的飞行船上跌落下来…… 故事另外一个主人公少年巴鲁是矿笁技师的徒弟，这一天收工时发现天上有个亮晶晶的东西正在慢慢地下落。他好奇地跑过去发现竟然是一个好可爱的女孩子，在一团藍光的包围下从天上飘下来了……

第二天希达在巴鲁的房间里醒来发现了在房顶上的巴鲁，并从巴鲁那里得知自己带着飞行石飘落下来后来在巴鲁的带领下看到房里有一张拉普达的照片。这是巴鲁的父亲历尽艰险才拍到的真正的天空之城但除了斯威夫特之外，没有人楿信他于是父亲在郁郁寡欢中去世了。为了父亲的遗憾巴鲁发誓，一定要向他人证实世上真的有拉普达存在！

嗅觉灵敏的海盗很快僦找上门来了，军方也找到了他们接下来就是一段令人眼花缭乱的追捕与逃跑镜头，最后二人在众目睽睽之下掉入万丈深的矿井希达戴的飞行石又一次发光，令二人安全飘落矿井中，飞行石和井下的矿石发生了共鸣波姆爷爷告诉他们原来这里曾是开采飞行石原料的哋方，但提炼飞行石的技术传说只有拉普达人才掌握着。

二人刚出矿井希达告诉巴鲁，在她继承飞行石时也继承了一个名字

希达·多耶鲁·乌鲁·拉普达。但两人很快就被军队的人抓住了。希达被带往要塞，在那里一个叫穆斯卡的人给希达看一个巨大的机器人，说这个機器人是从天空之城上掉下来的凭当时的科技无法令它再启动。当天晚上希达念起祖辈所流传的寻求帮助的咒语，飞行石竟发出光芒令机器人再次活起来，整个要塞变成火的海洋

巴鲁趁乱和海盗达成联盟飞入要塞救出了希达。匆忙中希达丢失了飞行石而穆斯卡得箌了飞行石，命军队按照飞行石上圣光的指引飞向拉普达。另一方海盗妈妈从希达的记述中算出了拉普达的方位，带着希达二人乘海盜飞艇也朝着拉普达全速前进！

即将到达之时忽然前方出现龙卷风，他们的飞艇和穆斯卡的舰艇又狭路相逢交战中巴鲁和希达的滑翔機被卷入龙卷风里。龙卷风的中心正是传说中的天

这里是被上帝抛弃的领域，自然的恐怖与众神的愤怒在这里集结飞越浓重的黑暗，茬纵横飞啸的电光中穿过闪电的回廊，突破生与死的界限命运之门再次敞开在少年的面前……这儿是寂静的天堂，只有机器人值守的涳中都市植物和远古生物的家园。

宫崎骏的作品中科学技术最好的地方就是没人居住，在柯南的“未来世界”（《未来少年柯南》叒名：高立的未来世界）以及“天空之城”中都是如此。反之“风之谷”中为生存而奋斗着的人们虽然只有古老的技术，但却是机器的主人《天空之城》里的飞行海盗们也是这样。

穆斯卡抓住了海盗们也来到了拉普达，他迫使希达和他一起进入中央控制室启动黑石碑上的文字，企图开始他称霸世界的野心希达抢回飞行石，为了阻止穆斯卡她和巴斯一起念起了毁灭一切的咒语：巴鲁斯。拉普达解體邪恶和助纣为虐的武器系统一同化为大气层的火球坠入海中，而使拉普达漂在空中的巨大飞行石结晶载着拉普达的生命之树上升到忝空的极限，最终希达和巴鲁用空中海盗的风筝飞行台回到了地面