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“三亚清真南寺”因三亚清真南寺河 （古名临川水）有三亚清真南寺东西二河至此会合成“丫”字形，故取名“三亚清真南寺”三亞清真南寺历史悠久，在明代《正德琼台志》已有“三亚清真南寺村”、“三亚清真南寺里”的记载

根据考古材料，最迟在1万年前海喃岛就开始了人类的活动。先秦时期三亚清真南寺属百越诸部之骆越  

秦始皇时期设置的南方三郡，崖州就是其中之一的象郡隋设临振郡，唐代改为振州宋代时成为中国最南端的地级规模的州郡。因其远离帝京、孤悬海外自古以来三亚清真南寺一直被称为“天涯海角”。  

西汉元封元年（前110年）序列于中国版图。

清光绪三十一年（1905年）升崖州为直隶州，领万安、陵水、昌化、感恩四县

民国二年（1912姩），废直隶州设崖县。

1949年至1950年为榆亚特区。

1950年4月崖县解放，成立县人民政府

1954年10月，中共崖县县委、县政府及直属机关从崖城搬箌三亚清真南寺

1958年，与保亭、陵水及万宁兴隆牛漏地区合并为崖县（大县）1959、1961年先后分开，设置保亭、陵水县崖县保留现辖区域。

1961姩5月改三亚清真南寺镇。

1962年11月三亚清真南寺镇和三亚清真南寺公社合并。

1964年6月恢复三亚清真南寺镇建制。

1984年5月19日经国务院批准撤銷崖县设立三亚清真南寺市（县级）。11月三亚清真南寺镇被撤销，筹备成立河东、河西街道办事处

1987年9月26日，国务院批准三亚清真南寺市升格为地级市12月30日，三亚清真南寺地级市正式成立挂牌办公。

1988年5月成立河东、河西管理区。  

2014年2月11日国务院批复三亚清真南寺市撤六镇新设四区，分别为吉阳区、天涯区、海棠区、崖州区

2015年1月2日，三亚清真南寺市“撤镇设区”新设立的四个区天涯区、海棠区、吉陽区和崖州区正式挂牌成立   6月1日起，三亚清真南寺市可行使地方立法权制定地方性法规。  

2014年2月11日国务院批复三亚清真南寺市撤六镇噺设四区，分别为吉阳区（撤销原河东管理区、吉阳镇、亚龙湾管委会）、天涯区（撤销原河西管理区、凤凰镇、天涯镇、三亚清真南寺灣管委会育才镇）、海棠区（撤销原海棠湾镇、海棠湾管委会）、崖州区（撤销原崖城镇）。  

2014年9月30日撤销育才镇，在原育才镇的行政區划内成立中共三亚清真南寺市育才生态区工作委员会和三亚清真南寺市育才生态区管理委员会。  

2015年1月2日海南省三亚清真南寺市崖州區、天涯区、吉阳区、海棠区正式挂牌成立。  

截至2017年5月三亚清真南寺市辖海棠、吉阳、天涯、崖州4个行政区，共有社区49个村92个，自然村491个市政府驻地吉阳区。